سه مورد از اصلی ترین پروتکل های VPN شامل PPTP، L2TP/Ipsec و OpenVPN می باشد. هرکدام از این پروتکل های مزیا و معایب مربوط به خود را دارد. که تمامی آن ها ریشه در سازگاری این پروتکل ها دارد. به عنوان مثال، PPTP از تعداد گسترده ای از دستگاه ها از دسکتاپ کامپیوتر گرفته تا دستگاه موبایل و تبلت پشتیبانی می کند. سیستم عامل های پشتیبانی شده توسط آن شامل ویندوز مایکروسافت، Mac OS X،  Ios، Linux و اندروید می باشد. L2TP/IPsec از نظر سازگاری مشابه PPTP است، با این تفاوت که این پروتکل از DD-WRT پشتیبانی نمی کند. OpenVPN نیز از اکثر سیستم عامل های رایج مانند ویندوز ، اندروید ، Mac OS X و Linux پشتیبانی می کنند. اصلی ترین تفاوت میان سه پروتکل مطرح شده، مربوط به نحوه ی رمزگذاری و امنیت آن است، رمز گذاری مربوط به PPTP 128 بیتی می باشد، L2TP/IPsec کدگذاری ۲۵۶بیتی را ارائه می دهد که امنیت آن بالاتر است، البته جهت آشنایی بیشتر می توانید به مقاله های ” معرفی openvpn قسمت اول و معرفی openvpn قسمت دوم ” مراجعه نمایید. OpenVPN نیز رمزگذاری ۲۵۶ بیتی را ارائه می دهد، اما این پروتکل به واحدهای پردازش مرکزی ۱۶۰ بیتی متصل است که کمی از امنیت کاسته اما به سرعت سرویس افزوده است. در هنگام انتخاب و خرید VPN، باید توجه کنید که متناسب ترین فیلتر شکن برای برای نیازهای خود انتخاب کرده و پروتکلی که برمی گزینید متناسب با نیازمندی های شما باشد. در حالی که قیمت، میزان امینت و پهنای باند فاکتورهای مهمی برای انتخاب یک سرویس وی پی ان به حساب می آیند، پروتکل مانند آجرهای ساختمان VPN بوده و باید در هنگام فعال سازی سرویس به نوع آن بسیار توجه کرد.